El más conocido es el Sistema de las Zonas de Vida de Holdridge, basado en la temperatura y la humedad combinada con una clasificación de la vegetación (Lamprecht, 1990). Panamá cuenta con 12 zonas de vida, de las 30 que hay en todo el mundo.
La mayor parte de ellos están protegidos, resguardando cerca de 27 especies de corales. En los últimos cinco años se ha reportado en el Refugio de Vida Silvestre de Isla Iguana, provincia de Los Santos, una disminución del 80% de sus arrecifes. La ANAM ha construido un refugio ecológico que sirve de vigilancia y control del área protegida para prevenir la destrucción de los corales y promover turismo ecológico dentro de estas áreas.
Entre los ecosistemas de agua dulce, los de mayor importancia en el país son los lagos Gatún, Bayano, Alajuela, La Yeguada y Fortuna, todos ellos artificiales. Además, existen unos 350 ríos que desembocan en el Pacífico y 150 que desembocan en el Atlántico, cuya riqueza biológica requiere mayor esfuerzo de investigación.
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